Der Fachbereich Wirtschaftswissenschaften gehört mit dem Fachbereich Rechtswissenschaft zur Rechts- und Staatswissenschaftlichen Fakultät. Die Fakultät wird von einem Dekan bzw. einer Dekanin und zwei Prodekan*innen geleitet. Entscheidungen über Belange der gesamten Fakultät werden im Fakultätsrat getroffen. Die beiden Fachbereiche haben darüber hinaus eigene Organisations- und Managementstrukturen. Der Fachbereich Wirtschaftswissenschaften hat sich eine Departmentstruktur nach internationalem Vorbild gegeben und die Lehrstühle aufgelöst. Die Wissenschaftler*innen auf den verschiedenen Karrierestufen von der Promotion bis zur Professur sind in fünf Instituten organisiert. Alle Doktorand*innen des Fachbereichs werden nach einheitlichen Standards in der Bonn Graduate School of Economics ausgebildet.